周圍森林茂密，奇花異卉競相斗艷，長有各種珍貴的藥草，芳香四溢；山泉處處，如明珠璀璨奪目，珍禽異獸出沒于林間，鳴囀于枝頭。因此，這里歷來被佛教信徒尊為吉祥寶地。
貢巴寺創建于清光緒十四年（1888年），有僧侶107人。當年農歷四月十七日，為當朝皇帝和皇太后祝壽，舉行了大規模法事，并在原有丁古扎倉的基礎上，擴建了參尼扎倉、居巴扎倉和曼巴扎倉。皇帝為該寺頒賜了“當今皇帝萬歲萬萬歲”的長生牌位和“皇太后萬歲萬萬歲”的長生牌位，以及寺院的匾額，金字、旌表和金銀五千兩，大寺的誥封金冊等。
當年九月，該寺的上下兩院經堂竣工，連同十二個靜修院，舉行了隆重的“為文殊大皇帝祝壽”的活動。次年三月，建立了單純的獨立儀軌，隨之將江車靜修院等十二個靜僧院合并，時有大經堂、菩薩殿、護法殿、四個扎倉，成為卓尼境內規模僅次于禪定寺的大寺院。
清末，貢巴寺歸屬夏河拉卜楞寺，從此，由拉卜楞寺任命法臺，處理教務。所屬教民和教區的政務，仍由卓尼楊土司管理，形成了政教分離的格局。
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