藏經殿在鐘樓東南側，建于清順治十六年，內存自宋朝以來歷代皇帝御賜的各種經書，加上本寺刻印的經書共20346冊,放在十二個大櫥內；其中有清康熙到乾隆年間御賜的經書《明朝南藏》、《明朝北藏》、《清朝梵本》、《書本藏》、《日本敘藏》 以及御筆《藥師經》等幾千部。
血經寶書
這里還存有用血書寫的經書557冊。這是涌泉寺“三寶”之一。這些血經系清光緒年間，華能和尚刺臂血，由信士王谷楷書“大乘般若波羅密真經”全部，定慧大師刺血、克定書寫“佛說四十二章經”等。
用鮮血寫成幾百冊佛經，需要很長的時間和大量的鮮血，這就需要刺血的人長期不吃鹽，血在書寫時才不會很快凝固。這些佛經中，一部分字呈鮮紅色，是因為在血中調了朱砂；一部分暗紅色，則是不調朱砂的。血書數百冊佛經，表達了血書人十分的虔誠和不凡的毅力。
佛學雕版
《華嚴疏論纂要》一書共120卷，是清康熙七年涌泉寺住持道霈，花費十年時間在唐朝古佛學著作《華嚴疏鈔》、《華嚴經論》基礎上重新刪節訂正而成，是我國佛學的代表性著作之一，為稀世之寶。
后來弘一法師將其中十二部翻印出版分贈給日本各大禪院。涌泉寺曾是我國一所佛學著作出版機構，至今還保存各種著作、佛像、書法的雕版共11375塊，刻工謹嚴，一絲不茍。因此，這里的藏殿被世人稱為“藏佛典古版之寶窟”。
雕版和血經亦為鎮寺之寶。藏經殿中的舍利塔里保存舍利珠和靈牙。
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